Trước sức ép của nhân dân, ngày 31 tháng 5 năm 1961, nước này đã trở thành một nước cộng hòa theo sau cuộc trưng cầu dân ý, trong đó các cử tri da trắng đã bầu cử hăng hái (quốc gia Natal thống trị ở Anh chống lại vấn đề này). Nữ hoàng Elizabeth II bị tước danh hiệu ''Nữ hoàng Nam Phi'', và vị Tổng thống cuối cùng, cụ thể là Charles Robberts Swart, đã trở thành Chủ tịch Quốc hội. Là một sự nhượng bộ cho hệ thống Westminster, tổng thống vẫn còn được bổ nhiệm lên nghị viện và hầu như không có quyền lực cho đến khi Đạo luật Hiến pháp của PW Botha năm 1983 (mà vẫn nguyên vẹn) loại bỏ văn phòng của Thủ tướng Chính phủvà đưa ra một "tổng thống hùng mạnh" gần như duy nhất chịu trách nhiệm trước quốc hội. Dưới áp lực của các quốc gia Khối thịnh vượng chung khác, Nam Phi rút khỏi tổ chức này vào năm 1961 và chỉ gia nhập lại vào năm 1994.

Mặc dù có sự phản đối cả trong và ngoài nước, chính phủ đã lên án việc tiếp tục phân biệt chủng tộc. Các lực lượng an ninh đàn áp bất đồng chính kiến nội bộ, và bạo lực trở nên phổ biến, với các tổ chức chống chủ nghĩa apartheid như Đại hội Dân tộc Phi, các tổ chức nhân dân Azanian, và Pan-Africanist Quốc hội tiến hành chiến tranh du kích và đô thị phá hoại. Ba cuộc kháng chiến đối thủ cũng tham gia vào các cuộc đụng độ liên thủ thường xảy ra khi họ đánh nhau vì ảnh hưởng trong nước.  Apartheid ngày càng trở nên gây tranh cãi, và một số quốc gia bắt đầu tẩy chay kinh doanh với chính phủ Nam Phi vì chính sách phân biệt chủng tộc của họ. Những biện pháp này sau đó được mở rộng tới các biện pháp trừng phạt quốc tế và việc các nhà đầu tư nước ngoài rút vốn.